La creación primigenia de la Universidad Nacional de Colombia se remonta, como antecedente de la misma, desde los albores del Período Republicano, durante la existencia y la vigencia de la Gran Colombia, que duró, en la práctica, desde 1821 hasta 1829, año este en que fue disuelta como consecuencia de la rebelión del general venezolano José Antonio Páez, quien fungía como jefe Civil y Militar en Caracas, estando encargado de la presidencia, con sede en Bogotá, el general Francisco de Paula Santander en su calidad de vicepresidente de la incipiente República en reemplazo de su titular, que lo era el general Simón Bolívar, en razón de que este decidió ausentarse del país a fin de libertar del yugo español a Ecuador, Perú y Bolivia. Su nombre correspondía a Universidad Central de la República, con sedes en Bogotá, Caracas y Quito. En 1850, la sede de Bogotá desapareció como consecuencia de pugnas políticas entre radicales y federalistas.
Más tarde, el 22 de septiembre de 1867, cuando en el territorio de la actual República de Colombia regía el sistema federal por segunda vez consecutiva en su historia, se le cambió el nombre por Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia, mediante la Ley 66 de ese año, época en que el Congreso le cambió a nuestro país el nombre por Estados Unidos de Colombia por iniciativa del gobierno de Santos Acosta, quien gobernó en forma interina durante 1867 – 1868.
Su ubicación actual, en Bogotá, es carrera 45 No 26-85, situada en la Ciudad Universitaria ‘Uriel Gutiérrez’, conocida con el nombre de ‘La Ciudad Blanca’. Su primer rector fue Manuel Encízar. Y la actual es la doctora Dolly Montoya, primera mujer en serlo durante su larga historia. Vicerrector General, Pablo Abril Contreras; vicerrectores académicos y de investigación, Mónica Reinartz y Luz Teresa Gómez, respectivamente.
Desde 1936 hasta hoy cuenta con sedes en: Medellín, Manizales, Amazonas, Orinoquia, San Andrés, Tumaco, Arauca y, recientemente en La Paz, Cesar.
Académicamente, comenzó con seis facultades: Artes y Oficios, Derecho, Medicina, Literatura y Filosofía, Ciencias Naturales e Ingeniería.
Posteriormente, en la medida en que transcurría el tiempo, hasta hoy, fueron creadas muchas facultades, así: 94 de pregrado; 97 de especializaciones; 38 de especialidades en Medicina y Odontología; 148 de Maestrías; 54 de Doctorado; distribuidos en su totalidad en su sede central y en las externas, recordando de paso que la más nueva es la de La Paz.
Desde su creación hasta la actualidad, es considerada como la más importante universidad estatal de Colombia.